房地產開發(fā)企業(yè)經營增值收益部分涉及的稅種主要是土地增值稅和企業(yè)所得稅。為了加強管理，國家稅務總局分別制定了《土地增值稅清算管理規(guī)程》（國稅發(fā)〔2009〕91號）和《房地產開發(fā)經營業(yè)務企業(yè)所得稅處理辦法》（國稅發(fā)〔2009〕31號）。
房地產開發(fā)企業(yè)的土地增值稅與企業(yè)所得稅雖然都是按所得額（增值額）計算征稅，也都要匯算或清算，但是在匯（清）算時間上，卻存在著明顯的差異。
企業(yè)所得稅是以一個會計年度為周期進行匯算清繳，時間是固定的。不論房地產開發(fā)項目是否完工，都要按期預繳，年終匯算清繳，多退少補。
土地增值稅卻是以房地產開發(fā)項目為單位進行清算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位清算，開發(fā)項目中，同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。清算期間具有不確定性，可以長于一個會計年度，也可以短于一個會計年度。清算之前按期預繳，達到清算時限條件時，則必須按規(guī)定進行清算，多退少補。
1.1 ? 土地增值稅清算的條件分為兩類
一是納稅人應該進行清算的條件：
?。ㄒ唬┓康禺a開發(fā)項目全部竣工、完成銷售的；
?。ǘ┱w轉讓未竣工決算房地產開發(fā)項目的；
?。ㄈ┲苯愚D讓土地使用權的。
二是主管稅務機關可以要求納稅人進行清算的條件：
?。ㄒ唬┮芽⒐を炇盏姆康禺a開發(fā)項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；
?。ǘ┤〉娩N售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；
?。ㄈ┘{稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；
?。ㄋ模┦。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市、計劃單列市）稅務機關規(guī)定的其他情況。
2 ? 土地增值稅清算管理規(guī)程
2.1 ? 第一章 ?總則
第一條 ?為了加強土地增值稅征收管理，規(guī)范土地增值稅清算工作，根據(jù)《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則、《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》及其實施細則等規(guī)定，制定本規(guī)程（以下簡稱《規(guī)程》）。
第二條 ?《規(guī)程》適用于房地產開發(fā)項目土地增值稅清算工作。
第三條 ?《規(guī)程》所稱土地增值稅清算，是指納稅人在符合土地增值稅清算條件后，依照稅收法律、法規(guī)及土地增值稅有關政策規(guī)定，計算房地產開發(fā)項目應繳納的土地增值稅稅額，并填寫《土地增值稅清算申報表》，向主管稅務機關提供有關資料，辦理土地增值稅清算手續(xù)，結清該房地產項目應繳納土地增值稅稅款的行為。
第四條 ?納稅人應當如實申報應繳納的土地增值稅稅額，保證清算申報的真實性、準確性和完整性。
第五條 ?稅務機關應當為納稅人提供優(yōu)質納稅服務，加強土地增值稅政策宣傳輔導。
主管稅務機關應及時對納稅人清算申報的收入、扣除項目金額、增值額、增值率以及稅款計算等情況進行審核，依法征收土地增值稅。
2.2 ? 第二章 ?前期管理
第六條 ?主管稅務機關應加強房地產開發(fā)項目的日常稅收管理，實施項目管理。主管稅務機關應從納稅人取得土地使用權開始，按項目分別建立檔案、設置臺帳，對納稅人項目立項、規(guī)劃設計、施工、預售、竣工驗收、工程結算、項目清盤等房地產開發(fā)全過程情況實行跟蹤監(jiān)控，做到稅務管理與納稅人項目開發(fā)同步。
第七條 ?主管稅務機關對納稅人項目開發(fā)期間的會計核算工作應當積極關注，對納稅人分期開發(fā)項目或者同時開發(fā)多個項目的，應督促納稅人根據(jù)清算要求按不同期間和不同項目合理歸集有關收入、成本、費用。
第八條 ?對納稅人分期開發(fā)項目或者同時開發(fā)多個項目的，有條件的地區(qū)，主管稅務機關可結合發(fā)票管理規(guī)定，對納稅人實施項目專用票據(jù)管理措施。
2.3 ? 第三章 ?清算受理
第九條 ?納稅人符合下列條件之一的，應進行土地增值稅的清算。
?。ㄒ唬┓康禺a開發(fā)項目全部竣工、完成銷售的；
?。ǘ┱w轉讓未竣工決算房地產開發(fā)項目的；
?。ㄈ┲苯愚D讓土地使用權的。
第十條 ?對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算。
?。ㄒ唬┮芽⒐を炇盏姆康禺a開發(fā)項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；
（二）取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；
（三）納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；
?。ㄋ模┦。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市、計劃單列市）稅務機關規(guī)定的其他情況。
對前款所列第（三）項情形，應在辦理注銷登記前進行土地增值稅清算。
第十一條 ?對于符合本規(guī)程第九條規(guī)定，應進行土地增值稅清算的項目，納稅人應當在滿足條件之日起90日內到主管稅務機關辦理清算手續(xù)。對于符合本規(guī)程第十條規(guī)定稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算的項目，由主管稅務機關確定是否進行清算；對于確定需要進行清算的項目，由主管稅務機關下達清算通知，納稅人應當在收到清算通知之日起90日內辦理清算手續(xù)。
應進行土地增值稅清算的納稅人或經主管稅務機關確定需要進行清算的納稅人，在上述規(guī)定的期限內拒不清算或不提供清算資料的，主管稅務機關可依據(jù)《中華人民共和國稅收征收管理法》有關規(guī)定處理。
第十二條 ?納稅人清算土地增值稅時應提供的清算資料
?。ㄒ唬┩恋卦鲋刀惽逅惚砑捌涓奖恚▍⒖急順右姼郊?，各地可根據(jù)本地實際情況制定）。
（二）房地產開發(fā)項目清算說明，主要內容應包括房地產開發(fā)項目立項、用地、開發(fā)、銷售、關聯(lián)方交易、融資、稅款繳納等基本情況及主管稅務機關需要了解的其他情況。
?。ㄈ╉椖靠⒐Q算報表、取得土地使用權所支付的地價款憑證、國有土地使用權出讓合同、銀行貸款利息結算通知單、項目工程合同結算單、商品房購銷合同統(tǒng)計表、銷售明細表、預售許可證等與轉讓房地產的收入、成本和費用有關的證明資料。主管稅務機關需要相應項目記賬憑證的，納稅人還應提供記賬憑證復印件。
?。ㄋ模┘{稅人委托稅務中介機構審核鑒證的清算項目，還應報送中介機構出具的《土地增值稅清算稅款鑒證報告》。
第十三條 ?主管稅務機關收到納稅人清算資料后，對符合清算條件的項目，且報送的清算資料完備的，予以受理；對納稅人符合清算條件、但報送的清算資料不全的，應要求納稅人在規(guī)定限期內補報，納稅人在規(guī)定的期限內補齊清算資料后，予以受理；對不符合清算條件的項目，不予受理。上述具體期限由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市稅務機關確定。主管稅務機關已受理的清算申請，納稅人無正當理由不得撤消。
第十四條 ?主管稅務機關按照本規(guī)程第六條進行項目管理時，對符合稅務機關可要求納稅人進行清算情形的，應當作出評估，并經分管領導批準，確定何時要求納稅人進行清算的時間。對確定暫不通知清算的，應繼續(xù)做好項目管理，每年作出評估，及時確定清算時間并通知納稅人辦理清算。
第十五條 ?主管稅務機關受理納稅人清算資料后，應在一定期限內及時組織清算審核。具體期限由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市稅務機關確定。
2.4 ? 第四章 ?清算審核
第十六條 ?清算審核包括案頭審核、實地審核。
案頭審核是指對納稅人報送的清算資料進行數(shù)據(jù)、邏輯審核，重點審核項目歸集的一致性、數(shù)據(jù)計算準確性等。
實地審核是指在案頭審核的基礎上，通過對房地產開發(fā)項目實地查驗等方式，對納稅人申報情況的客觀性、真實性、合理性進行審核。
第十七條 ?清算審核時，應審核房地產開發(fā)項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算；對于分期開發(fā)的項目，是否以分期項目為單位清算；對不同類型房地產是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。
第十八條 ?審核收入情況時，應結合銷售發(fā)票、銷售合同（含房管部門網(wǎng)上備案登記資料）、商品房銷售（預售）許可證、房產銷售分戶明細表及其他有關資料，重點審核銷售明細表、房地產銷售面積與項目可售面積的數(shù)據(jù)關聯(lián)性，以核實計稅收入；對銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，而發(fā)生補、退房款的收入調整情況進行審核；對銷售價格進行評估，審核有無價格明顯偏低情況。
必要時，主管稅務機關可通過實地查驗，確認有無少計、漏計事項，確認有無將開發(fā)產品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等情況。
第十九條 ?非直接銷售和自用房地產的收入確定
?。ㄒ唬┓康禺a開發(fā)企業(yè)將開發(fā)產品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發(fā)生所有權轉移時應視同銷售房地產，其收入按下列方法和順序確認：
1.按本企業(yè)在同一地區(qū)、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定；
2.由主管稅務機關參照當?shù)禺斈?、同類房地產的市場價格或評估價值確定。
（二）房地產開發(fā)企業(yè)將開發(fā)的部分房地產轉為企業(yè)自用或用于出租等商業(yè)用途時，如果產權未發(fā)生轉移，不征收土地增值稅，在稅款清算時不列收入，不扣除相應的成本和費用。
第二十條 ?土地增值稅扣除項目審核的內容包括：
?。ㄒ唬┤〉猛恋厥褂脵嗨Ц兜慕痤~。
?。ǘ┓康禺a開發(fā)成本，包括：土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發(fā)間接費用。
?。ㄈ┓康禺a開發(fā)費用。
?。ㄋ模┡c轉讓房地產有關的稅金。
?。ㄎ澹﹪乙?guī)定的其他扣除項目。
第二十一條 ?審核扣除項目是否符合下列要求：
?。ㄒ唬┰谕恋卦鲋刀惽逅阒?，計算扣除項目金額時，其實際發(fā)生的支出應當取得但未取得合法憑據(jù)的不得扣除。
?。ǘ┛鄢椖拷痤~中所歸集的各項成本和費用，必須是實際發(fā)生的。
?。ㄈ┛鄢椖拷痤~應當準確地在各扣除項目中分別歸集，不得混淆。
?。ㄋ模┛鄢椖拷痤~中所歸集的各項成本和費用必須是在清算項目開發(fā)中直接發(fā)生的或應當分攤的。
（五）納稅人分期開發(fā)項目或者同時開發(fā)多個項目的，或者同一項目中建造不同類型房地產的，應按照受益對象，采用合理的分配方法，分攤共同的成本費用。
?。ν活愂马棧瑧敳扇∠嗤臅嬚呋蛱幚矸椒?。會計核算與稅務處理規(guī)定不一致的，以稅務處理規(guī)定為準。
第二十二條 ?審核取得土地使用權支付金額和土地征用及拆遷補償費時應當重點關注：
?。ㄒ唬┩蛔谕恋赜卸鄠€開發(fā)項目，是否予以分攤，分攤辦法是否合理、合規(guī)，具體金額的計算是否正確。
?。ǘ┦欠翊嬖趯⒎康禺a開發(fā)費用記入取得土地使用權支付金額以及土地征用及拆遷補償費的情形。
?。ㄈ┎疬w補償費是否實際發(fā)生，尤其是支付給個人的拆遷補償款、拆遷（回遷）合同和簽收花名冊或簽收憑證是否一一對應。
第二十三條 ?審核前期工程費、基礎設施費時應當重點關注：
?。ㄒ唬┣捌诠こ藤M、基礎設施費是否真實發(fā)生，是否存在虛列情形。
（二）是否將房地產開發(fā)費用記入前期工程費、基礎設施費。
（三）多個（或分期）項目共同發(fā)生的前期工程費、基礎設施費，是否按項目合理分攤。
第二十四條 ?審核公共配套設施費時應當重點關注：
?。ㄒ唬┕才涮自O施的界定是否準確，公共配套設施費是否真實發(fā)生，有無預提的公共配套設施費情況。
（二）是否將房地產開發(fā)費用記入公共配套設施費。
?。ㄈ┒鄠€（或分期）項目共同發(fā)生的公共配套設施費，是否按項目合理分攤。
第二十五條 ?審核建筑安裝工程費時應當重點關注：
（一）發(fā)生的費用是否與決算報告、審計報告、工程結算報告、工程施工合同記載的內容相符。
?。ǘ┓康禺a開發(fā)企業(yè)自購建筑材料時，自購建材費用是否重復計算扣除項目。
（三）參照當?shù)禺斊谕愰_發(fā)項目單位平均建安成本或當?shù)亟ㄔO部門公布的單位定額成本，驗證建筑安裝工程費支出是否存在異常。
?。ㄋ模┓康禺a開發(fā)企業(yè)采用自營方式自行施工建設的，還應當關注有無虛列、多列施工人工費、材料費、機械使用費等情況。
?。ㄎ澹┙ㄖ惭b發(fā)票是否在項目所在地稅務機關開具。
第二十六條 ?審核開發(fā)間接費用時應當重點關注：
?。ㄒ唬┦欠翊嬖趯⑵髽I(yè)行政管理部門（總部）為組織和管理生產經營活動而發(fā)生的管理費用記入開發(fā)間接費用的情形。
?。ǘ╅_發(fā)間接費用是否真實發(fā)生，有無預提開發(fā)間接費用的情況，取得的憑證是否合法有效。
第二十七條 ?審核利息支出時應當重點關注：
?。ㄒ唬┦欠駥⒗⒅С鰪姆康禺a開發(fā)成本中調整至開發(fā)費用。
?。ǘ┓制陂_發(fā)項目或者同時開發(fā)多個項目的，其取得的一般性貸款的利息支出，是否按照項目合理分攤。
?。ㄈ├瞄e置專項借款對外投資取得收益，其收益是否沖減利息支出。
第二十八條 ?代收費用的審核。
對于縣級以上人民政府要求房地產開發(fā)企業(yè)在售房時代收的各項費用，審核其代收費用是否計入房價并向購買方一并收??；當代收費用計入房價時，審核有無將代收費用計入加計扣除以及房地產開發(fā)費用計算基數(shù)的情形。
第二十九條 ?關聯(lián)方交易行為的審核。
在審核收入和扣除項目時，應重點關注關聯(lián)企業(yè)交易是否按照公允價值和營業(yè)常規(guī)進行業(yè)務往來。
應當關注企業(yè)大額應付款余額，審核交易行為是否真實。
第三十條 ?納稅人委托中介機構審核鑒證的清算項目，主管稅務機關應當采取適當方法對有關鑒證報告的合法性、真實性進行審核。
第三十一條 ?對納稅人委托中介機構審核鑒證的清算項目，主管稅務機關未采信或部分未采信鑒證報告的，應當告知其理由。
第三十二條 ?土地增值稅清算審核結束，主管稅務機關應當將審核結果書面通知納稅人，并確定辦理補、退稅期限。
2.5 ? 第五章 ?核定征收
第三十三條 ?在土地增值稅清算過程中，發(fā)現(xiàn)納稅人符合核定征收條件的，應按核定征收方式對房地產項目進行清算。
第三十四條 ?在土地增值稅清算中符合以下條件之一的，可實行核定征收。
?。ㄒ唬┮勒辗伞⑿姓ㄒ?guī)的規(guī)定應當設置但未設置賬簿的；
?。ǘ┥米凿N毀賬簿或者拒不提供納稅資料的；
（三）雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以確定轉讓收入或扣除項目金額的；
?。ㄋ模┓贤恋卦鲋刀惽逅銞l件，企業(yè)未按照規(guī)定的期限辦理清算手續(xù)，經稅務機關責令限期清算，逾期仍不清算的；
?。ㄎ澹┥陥蟮挠嫸愐罁?jù)明顯偏低，又無正當理由的。
第三十五條 ?符合上述核定征收條件的，由主管稅務機關發(fā)出核定征收的稅務事項告知書后，稅務人員對房地產項目開展土地增值稅核定征收核查，經主管稅務機關審核合議，通知納稅人申報繳納應補繳稅款或辦理退稅。
第三十六條 ?對于分期開發(fā)的房地產項目，各期清算的方式應保持一致。
2.6 ? 第六章 ?其他
第三十七條 ?土地增值稅清算資料應按照檔案化管理的要求，妥善保存。
第三十八條 ?本規(guī)程自2009年6月1日起施行，各?。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市、計劃單列市）稅務機關可結合本地實際，對本規(guī)程進行進一步細化。
3 ? 土地增值稅清算問題案例
案例：A房地產開發(fā)公司2007年開發(fā)建設某住宅小區(qū)項目，已完成竣工結算，房屋銷售率達87.35%以上，總銷售收入7437.09萬元，達到清算條件。該公司基本數(shù)據(jù)如下：普通標準住宅建筑面積38612.58平方米，銷售收入5372.44萬元，銷售率100% ;非普通標準住宅建筑面積4039.17平方米，銷售收入819.99萬元，銷售率100%；非住宅類建筑面積（商鋪和車庫）建筑面積12217.06平方米，銷售收入1244.66萬元，銷售率43.21%；支付政府土地成本款645.12萬元；房地產開發(fā)成本6406.22萬元。假定：營業(yè)稅金及附加為5.5%，房地產開發(fā)費用按10%扣除。
兩種不同算法的計算過程比較：
一、采用合并計算的方法：銷售收入為7437.09萬元，可扣除成本按總體銷售比例87.35%調整后為8416.63萬元，收入減去扣除項目后的增值額為-979.55萬元，整體項目沒有增值，無需繳納土地增值稅，已經預繳的土地增值稅需要退稅。
二、采用分開計算的方法：分為普通標準住宅、非普通標準住宅、非住宅類，按照上述方法分別計算增值額（扣除成本按各類型銷售比例分別調整）。普通標準住宅類增值額為-1373.92萬元，普通住宅類不需要繳納土地增值稅；非普通住宅類增值額為100.08萬元，增值額占扣除項目比例為30.97%，應納稅額為100.08萬元乘以30%等于30.02萬元；非住宅類增值額為294.29萬元，增值額占扣除項目比例為13.9%，應納稅額為294.29萬元乘以30%等于88.29萬元；三種類型開發(fā)產品合計應納土地增值稅為118.31萬元。
通過比較分析得出，采用合并計算的方法，此項目應繳土地增值稅為0；采用分開計算的方法，應繳土地增值稅為118.31萬元，兩種不同的算法，對土地增值稅清算結果影響相差118.31萬元。此項目已經預繳土地增值稅85.46萬元，采用合并計算的方法，應退土地增值稅85.46萬元，采用分開計算的方法，應補土地增值稅32.86萬元。由此案例可以得出，分開計算土地增值稅稅負要明顯高于合并計算，合并計算甚至要退稅。
那么相關稅收法規(guī)又是怎么規(guī)定的呢？對于既建普通標準住宅又建其他類型房地產的開發(fā)項目如何計稅的問題有以下規(guī)定：
《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》（國務院令第138號）第八條規(guī)定：納稅人建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20％的，免征土地增值稅。
《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字〔1995〕048號）規(guī)定：對納稅人既建普通標準住宅又進行其他房地產開發(fā)的，應分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準確核增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用條例第八條（一）項的免稅規(guī)定。
《國家稅務總局關于印發(fā)土地增值稅清算管理規(guī)程的通知》（國稅發(fā)〔2009〕91號）第十七條規(guī)定：清算審核時，應審核房地產開發(fā)項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算；對于分期開發(fā)的項目，是否以分期項目為單位清算；對不同類型房地產是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。
《湖南省地方稅務局關于進一步規(guī)范土地增值稅管理的公告》（湖南省地方稅務局公告2014年第7號）規(guī)定：土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發(fā)項目為單位進行清算，原則上以《建設工程規(guī)劃許可證》為依據(jù)確認清算單位。清算單位應按照普通標準住宅、非普通標準住宅、非住宅類型分類，分別計算增值額、增值率，據(jù)此申報土地增值稅。此公告自2014年5月1日起執(zhí)行，凡與本公告不符的改按本公告的規(guī)定執(zhí)行。
依據(jù)以上文件的規(guī)定，不同類型的房地產應分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。上述A公司如果采用合并計算土地增值稅的方式進行清算，是不符合國家的稅收政策的。
但據(jù)了解，這種合并計算的做法在房地產行業(yè)內比較普遍，筆者認為這種現(xiàn)象主要會造成以下兩種風險。
一是房地產開發(fā)公司未按規(guī)定申報納稅，存在稅收違法風險?！锻恋卦鲋刀悤盒袟l例》規(guī)定，普通標準住宅增值額未達20%的，免征普通標準住宅的土地增值稅，但如果不分別核算普通標準住宅和非普通標準住宅的增值額或不能準確核算其增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用免稅規(guī)定。但在實際工作中，房地產開發(fā)公司發(fā)現(xiàn)放棄免稅條款，反而降低了綜合稅負率，因而以賬務上沒有分開核算成本，不能準確計算增值額的理由，主動放棄免稅政策，從而達到降低稅負的目的。
那么，是否真正存在不能分別核算增值額的情況呢？從收入方面來說，普通標準住宅和非普通類在銷售清冊上的收入是一目了然的，非常清楚，肯定是可以分列計稅收入；從成本方面來說，土地成本可以按照占地面積法；房地產開發(fā)成本，如果是單棟同一類型的建筑，每一類型房屋的建安成本可以單獨取得，如果是商住樓（下面幾層是商鋪、車位，上面是住宅或者公寓），成本也是可以根據(jù)建筑面積進行劃分的，并且根據(jù)《湖南省地方稅務局關于進一步規(guī)范土地增值稅管理的公告》（湖南省地方稅務局公告2014年第7號）規(guī)定，可以根據(jù)不同的層高設定層高系數(shù)，更加合理的分攤房屋的建安成本。因此在實際操作中，不存在無法分開計算增值額的項目。
在實際中，根據(jù)現(xiàn)行土地增值稅的清算方法，普通標準類住宅的增值額大部分為負數(shù)，而商鋪類、車庫等非住宅往往溢價高，增值額高，納稅人為了達到降低稅負的目的，選擇合并計算土地增值稅，當稅務機關要求分開核算時，以種種理由拒絕或者不提供分開核算的資料。
二是稅務人員對政策把握不準，存在稅收執(zhí)法風險。如果有土地增值稅清算人員對政策把握不準，同意合并計算的做法，并出具土地增值稅清算資料，那么納稅人的稅收違法風險就成功轉移到稅務機關，并以合法的方式掩蓋其偷稅的本質，尤其是在2014年5月1日之后，湖南省地方稅務局公告2014年第7號明確規(guī)定，清算單位應按照普通標準住宅、非普通標準住宅、非住宅類型分類（以下簡稱三分法），分別計算增值額、增值率。
結合本案例，提出以下幾項征管建議：
一是在土地增值稅清算初期，嚴格資料報送審核，對不按三分法進行土地增值稅清算的資料一律不予受理，降低稅務機關執(zhí)法風險。
二是土地增值稅清算委員會以非普通標準住宅稅負率為參照指標審核清算資料，保證清算項目非普通標準住宅平均稅負率達到4%以上。非普通標準住宅稅負率=應納土地增值稅/（非普通標準住宅銷售收入+非住宅類銷售收入）。
據(jù)悉，岳麓區(qū)2013年共完成25個房地產項目的土地增值稅清算工作，其中非普通標準住宅平均稅負率5.7%，最高稅負率達到10.78%。雨花區(qū)2013年共完成23個房地產項目的土地增值稅清算工作，其中非普通標準住宅平均稅負率4.06%，最高稅負率達到9.3%。上述案例中，A公司如果分開計算增值額，非普通標準住宅稅負率達到5.73%，基本上達到了清算要求，如果合并計算，土地增值稅要退118.31萬元。
三是正確處理好清算過程與稅務代理中介的關系，既要利用中介機構的專業(yè)優(yōu)勢幫助稅務機關提高土地增值稅清算效率，又要防止中介機構利用不合法的稅收籌劃混淆成本、費用，人為降低土地增值稅稅負率。
四是對土地增值稅清算中遇到的同類問題在主管稅務機關管理范圍內統(tǒng)一處理方法和流程，給予納稅人公平的納稅環(huán)境，也可以提高土地增值稅清算的入庫率，降低入庫難度。
4 ? 土地增值稅清算程序
土地增值稅的清算程序大體分為六步：
1. ? ?清算前的準備工作；
2. ? ?清算項目收入總額的計算及《土地增值稅清算項目銷售收入?yún)R總表》的編制；
3. ? ?扣除項目金額的計算及《扣除項目成本費用計算表》的編制；
4. ? ?土地增值稅應納稅額的計算及《土地增值稅納稅申報表》的編制；
5. ? ?土地增值稅的審計鑒證；
6. ? ?土地增值稅的申請清算。
5 ? 土地增值稅清算單位
國家稅務總局關于印發(fā)《土地增值稅清算管理規(guī)程》的通知（國稅發(fā)[2009]91號）
第十七條 ?清算審核時，應①審核房地產開發(fā)項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算；對于②分期開發(fā)的項目，是否以分期項目為單位清算；對③不同類型房地產是否分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。
以有關部門審批、備案的項目為單位進行清算，但房地產開發(fā)過程中審批、報建的部門相當多，究竟以何環(huán)節(jié)確定土地增值稅清算單位？這是土地增值稅清算的關鍵點，關乎稅負，下面從房地產開發(fā)流程談談此問題。
一個項目可整體立項，整體規(guī)劃，分期開發(fā)，分期辦理預售證。對于一次規(guī)劃報建，可分期驗收，對以工程規(guī)劃許可證作為分期標志提出了考驗。由于預售對象可辦至單體工程，且預售對象往往是企業(yè)根據(jù)市場情況進行劃分，因此，土增清算單位應以預售對象確定。
土地增值稅以調節(jié)土地增值收益，規(guī)范土地、房地產市場交易秩序，維護國家權益為目的。企業(yè)根據(jù)自身條件、市場情況合理分期開發(fā)，分期預售，而目前房產市場具有股市之特征，不同時期售價不同，波動相當大，導致增值額不同，各清算單位間增值額不能相互抵補，以預售對象確定土地增值稅清算單位符合土地增值稅征稅原理。當然，各期售價波動不大時，如何劃分對土地增值稅清算沒有實質影響，僅是清算時點不同而已。
是否以物業(yè)類型進行清算也導致土地增值稅稅負不同，但現(xiàn)在房產開發(fā)基本上是商住一體，如何劃分兩者扣除項是關鍵。
為兼顧企業(yè)所得稅，減少清算工作量，建議參照國稅發(fā)[2009]31號成本對象確立的原則，合理確定最小核算單位，預售方案中售價高與售價低應摻合在一起，以減少增值額。
